Die Gemeinde Isny gilt als eines der Zentren der Reformation im Allgäu und wurde im Jahr 1529 protestantisch. Erst im frühen 19. Jahrhundert durften wieder Katholiken nach Isny ziehen. Heutzutage leben wieder deutlich mehr katholische als protestantische Einwohner in Isny. Die Nikolaikirche ist die zentrale evangelische Kirche in Isny und befindet sich in der Nähe des Schlossgrabens. Es handelt sich um eine dreischiffige Pfeilerbasilika, die die Leute-Kirche ersetzte, die in der Nähe der Klosterkirche stand. Die Nikolaikirche wurde 1288 unter der Leitung von Baumeister Heinrich von Brunow neu erbaut. Einige Elemente, wie die Mauern des Langhauses, Rundbogenfenster, Innengewölbe und der Turm bis zur Glockenstube, haben bis heute überlebt. Der Chor wurde im 15. Jahrhundert während einer Restaurierung hinzugefügt und ist im spätgotischen Stil gestaltet.

Im Jahr 1631 wurde Isny von einem großen Feuer heimgesucht, bei dem auch das Innere der Kirche stark beschädigt wurde. Allerdings wurde die Kirche bereits fünf Jahre später wiederaufgebaut, und der Turm erhielt sein charakteristisches Zwiebeldach. In den Jahren 1971/1972 wurde die Nikolaikirche erneut restauriert. Im Chorbogen befindet sich eine Kreuzigungsgruppe des Künstlers Ulrich Henn.

Besonders bedeutsam ist die original erhaltene Predigerbibliothek in der Nikolaikirche. Sie beherbergt über 1.000 Bände und 340 Drucke aus der Reformationszeit. Diese Bücher dienten den Predigern im 15. Jahrhundert zur wissenschaftlichen Weiterbildung und Vorbereitung ihrer Predigten. Die Bibliothek enthält Werke von bedeutenden Persönlichkeiten wie Melanchthon und Luther sowie wertvolle Drucke aus der Zeit nach der Erfindung des Buchdrucks.

Ein Blick in die Bibliothek mit ihren Büchern und dem Mobiliar – die trotz Bränden und Kriegen über fünfhundert Jahre überlebt haben – vermittelt einen tiefen Einblick in die religiöse und kulturelle Geschichte der Region.